A l'auberge de la Truite, tenue par ses parents, Malcolm, onze ans, voit passer de nombreux visiteurs. Tous apportent leurs aventures et leur mystère dans ce lieu chaleureux. Certains sont étrangement intéressés par le bébé nommé Lyra et son daemon Pantalaimon, gardés par les nonnes du prieuré tout proche. Qui est cette enfant ? Pourquoi est-elle ici ? Quels secrets, quelles menaces entourent son existence ? Pour la sauver, Malcolm et Alice, sa compagne d'équipée, doivent s'enfuir avec elle.
Dans une nature déchaînée, le fragile trio embarque à bord de La Belle Sauvage, le bien le plus précieux de Malcolm. Tandis que despotisme totalitaire et liberté de penser s'affrontent autour de la Poussière, une particule mystérieuse, deux jeunes héros malgré eux, liés par leur amour indéfectible pour la petite Lyra, vivent une aventure qui les changera pour toujours.