Son Excellence Eugène Rougon est le portrait d'un parvenu, d'un " homme nouveau " devenu homme du et de pouvoir sous le Second Empire. Le scalpel de l'écrivain naturaliste fouille la chair et l'âme du personnage qui incarne ce pouvoir, et interroge les mystérieux rapports du pouvoir et du sexe : Eugène Rougon, ministre autoritaire et répressif, " idolâtre " de lui-même et de sa force, est aussi un " chaste ". Son face à face avec l'autre " idole " féminine, Clorinde, est au centre de l'œuvre. Et autour de cette guerre des sexes le roman décrit impitoyablement la comédie et les rouages de la machine à machinations : intrigues, coteries, groupes de pression, " théâtre " de la Chambre, coulisses de la cour impériale de Compiègne, revirements d'alliances, retournements cyniques de politique, espionnage, manipulations policières. Roman de la politique, l'œuvre conclut à la politique comme roman, comme théâtre, comme fiction : le pouvoir est partout et nulle part, tout le monde est à la fois manipulateur et manipulé, spectateur éberlué et acteur de la pièce. L'un des romans les plus méconnus de la série des Rougon-Macquart.

L'action se situe à Plassans, le berceau des Rougon-Macquart, petite ville que Zola a imaginée en s'inspirant d'Aix-en-Provence et de Flassans-sur-Issole. La ville, acquise à Napoléon III grâce aux intrigues de la famille Rougon (La Fortune des Rougon), est passée aux légitimistes. Un prêtre bonapartiste, l'abbé Faujas, y est envoyé par le pouvoir pour la reconquérir.

Le Ventre de Paris, ce sont les Halles, avec leur " souffle colossal épais encore de l'indigestion de la veille ", leurs montagnes de mangeailles, de viandes saignantes, " de choses fondantes, de choses grasses ", de " gredins de légumes " d'où monte " le râle de tous les potagers de la banlieue ". " L'idée générale, écrit Zola, est le ventre, la bourgeoisie digérant, ruminant, la bête broyant le foin au râtelier, la bedaine pleine et heureuse se ballonnant au soleil. " Aux " Gras " s'opposent les " Maigres ". Florent, un proscrit du 2 décembre revenu à Paris, qui fomente un complot contre le régime et sera dénoncé par Lisa, sa belle-sœur, une charcutière " au grand calme repu ". Florent retourne en prison et c'est à son ami Claude Lantier, le futur héros de L'îuvre, que revient le mot de la fin : " Quels gredins que les honnêtes gens ! "

La Débâcle : Sedan, l'effondrement de la France impériale, frivole et corrompue, devant " l'esprit scientifique " de l'Allemagne et l'implacable mécanique de ses armées. La défaite, le siège de Paris, le brasier de la Commune, " l'exécrable semaine " de la répression versaillaise. Reportage militaire d'une scrupuleuse exactitude, fresque de deuil, de souffrance et de sang, le roman est aussi l'analyse de la déchirure qui est au cœur de la conscience collective des Français et que juin 40 fera revivre : " La Débâcle, écrit Raoul Girardet, est un de ces documents privilégiés en dehors desquels l'histoire morale de la France contemporaine ne saurait et ne pourrait être écrite. "

Dans cette touchante histoire d'amour entre un grand spécialiste de l'hérédité et sa nièce, on trouve l'aboutissement d'une aventure familiale, celle des Rougon-Macquart, et un roman scientifique sur ce sujet si actuel, l'hérédité ou la génétique. Bref, une synthèse de l'art et de la pensée, Le Crépuscule des dieux ou Le Temps retrouvé de Zola, la fin d'une longue aventure qu'elle résume et conclut, et un " appel à la vie ", un splendide message d'espoir. " La vie, la vie qui coule en torrent, qui continue et recommence, vers l'achèvement ignoré ! la vie où nous baignons, la vie aux courants infinis et contraires, toujours mouvante et immense, comme une mer sans bornes ! "

Le Havre, 1869. Jacques Lantier est rongé par une lourde hérédité. Les femmes réveillent en lui des pulsions meurtrières. Il leur préfère sa Lison, la locomotive qu'il conduit fièrement, jour après jour. Un regard changera tout, celui de Séverine, croisé lors de l'enquête sur le meurtre du président de la Compagnie ferroviaire. Jacques s'éprend de la jeune femme. Elle semble être la seule à pouvoir le guérir de sa folie.