Empoisonné par une organisation d'hommes en noir, Shinichi Kudo redevient un enfant et est contraint de retourner à l'école primaire. Tout en veillant à ce que le secret de sa nouvelle identité soit préservé, il mène des enquêtes et résout des affaires ténébreuses et autres meurtres inexpliqués.

Le détective lycéen Shinichi Kudo est contraint de prendre un pseudonyme, Conan Edogawa (combinaison de Conan Doyle et Edogawa Rampo, créateur du roman policier japonais), pour pousuivre son enquête sur les membres d'une mystérieuse organisation.