Le jour se lève sur Perdido Beach, une petite ville de Californie. Au collège, un professeur d'histoire commence son cours, comme tous les matins puis, tout à coup, il disparaît, " volatilisé ", comme tous les habitants de plus de 14 ans. Alors que les rumeurs circulent à la vitesse de la lumière, les enfants rentrent chez eux. Ils découvrent alors que plus aucun moyen de communication ne fonctionn. Les heures passent et les adultes ne reviennent pas. Une nouvelle vie commence alors tandis qu'au même moment, certains enfants s'aperçoivent qu'ils sont dotés de pouvoirs surnaturels. Il faut désormais un chef pour maîtriser le chaos et organiser le quotidien, mais Sam, celui que tout le monde désigne, refuse ce rôle. C'est Caine, la forte tête de l'académie militaire pour enfants à problèmes, qui s'érige alors en tyran...

Depuis trois mois, à Perdido Beach, tous les adultes ont disparu. Les enfants vivent seuls, piégés dans une bulle qu'ils ont baptisés la Zone. La nourriture manque et personne n'a de solution pour enrayer la famine. Chaque jour, de nouveaux jeunes développent des pouvoirs surnaturels et bientôt, les dissensions éclatent entre " mutants " et " normaux ". Le chaos s'installe en ville. Pourtant un danger bien plus terrible menace la tranquillité des habitants de la Zone. L'Ombre, une créature inquiétante terrée dans les collines, appelle ses serviteurs auprès d'elle. Elle s'est réveillée. Et désormais, elle a faim...

La situation empire chaque jour à Perdido Beach. Certes la famine est momentanément écartée et Caine, retranché dans le pensionnat de Coates, n'est plus que l'ombre de lui-même. Mais les enfants sont privés d'électricité depuis l'attaque de la centrale et vivent désormais dans le noir. Les tensions entre "mutants" et "normaux" s'enveniment. Sam a de plus en plus de mal à maintenir la paix et se heurte à l'immobilisme du conseil de la ville présidé par Astrid. Et pendant ce temps, les rumeurs les plus folles circulent. Orsay, rebaptisée Prophétesse par ses fidèles, prétend qu'elle est hantée d'étranges visions venant du monde des adultes et que la mort est le seul moyen de quitter la Zone... Dépassé par les récents événements, Sam décide de ne pas en avertir le conseil. Mais voilà que les morts se réveillent. Et que tous les conflits éclatent.

Après les combats qui ont ravagé la ville, le calme revient peu à peu sur Perdido Beach. Pas pour très longtemps. Car l'Ombre s'est emparée de Petit Pete et des insectes terrifiants s'attaquent à la ville. Surtout, une maladie mortelle hautement contagieuse s'abat sur la Zone. Sam, Astrid, Diana et Caine pensaient avoir connu le pire. Pourtant, cette fois, ils vont devoir se mesurer à un ennemi invisible, au péril de leur vieà

Malgré la famine et les mensonges, malgré l'épidémie, les enfants de Perdido Beach ont survécu. Mais un nouvel ennemi vient rôder dans le monde fragile qu'ils ont construit. Peut-être le pire de tous : la peur. Dans l'obscurité qui envahit peu à peu la Zone surgissent les angoisses les plus terrifiantes. Pourtant, au sein de chaque clan, les survivants continuent à prendre soin les uns des autres, quel qu'en soit le prix...

Il y a maintenant plus d'un an que tous les adultes ont disparu... Mais Gaïa, elle, est toujours là, et sa soif de destruction est intacte. Pour empêcher le monde de tomber sous son emprise, de douloureux sacrifices seront nécessaires. Des ennemis jurés seront contraints de s'allier pour révéler des secrets terrifiants... L'ultime bataille est proche. Les enfants de Perdido Beach parviendront-ils à survivre, et comprendre, enfin, ce qui s'est vraiment passé dans la Zone ?